GRISBI: Programme

Journées GRISBI 2011

Journée scientifique et technologique

26 mai 2011 - 9h30-18h00
PRABI-IBCP
Site de Gerland, 7 passage du Vercors, 69007 Lyon, France

Tutoriel

27 mai 2011 - 9h00-17h00
PRABI-LBBE
Site de la Doua, 43 bd du 11 novembre 1918, 69100 Villeurbanne, France

Informations pratiques

Programme

Inscription

** Clôture des inscription **
le 13 mai 2011

Participants

Contact: grisbi@ibcp.fr

Comité d'organisation

Christophe Blanchet
Christophe Caron
Olivier Collin
Stéphane Delmotte
Clément Gauthey
Tiphaine Martin
Franck Samson
Bruno Spataro

Journée scientifiques et technologique 2011

- Programme du 26 mai 2011 -

Accueil - 9h15
	Infrastructures Bioinformatiques
9h45	RENABI, Infrastructure pour la Bioinformatique, contexte national et international. Pierre Tufféry (MTi Inserm)
10h15	Présentation des Centres Bioinformatiques Régionaux PRABI (B. Spataro), RENABI-GO & RENABI-SO (T. Martin), APLIBIO (F. Samson)
11h00	GRISBI, Objectifs et Bilan. Christophe Blanchet (IBCP CNRS-Univ. Lyon)
11h30	GRISBI, Technologies. Clément Gauthey (IBCP CNRS-Univ. Lyon)
Déjeuner - 12h00
	Retour d’expériences bioinformatiques sur l’infrastructure GRISBI
13h45	Analyse NGS sur infrastructure distribuée. Tiphaine Martin (CBiB LABRI)
14h05	Recherche de similarité de séquences à grande échelle. Simon Penel (LBBE CNRS-Univ. Lyon)
14h25	Calculs de structures RMN a l'aide d'ARIA. Déploiement sur l'infrastructure RENABI GRISBI. Fabien Mareuil (Institut Pasteur)
14h45	Grille de calcul et analyses d'association/expression génome entier : Intérêts et Exemples. David-Alexandre Tregouet (Inserm UMRS937)
Pause - 15h10
	Besoins et attentes
15h40	Nouveau paradigme pour l'analyse des données biologiques: exemple sur la recherche de marqueurs moléculaires ISBP chez le blé tendre. Philippe Leroy (UMR1095 INRA/UBP)
16h00	Enjeux et perspectives d'une infrastructure informatique pour l'analyse protéomique dans le contexte ReNaBi. Yves Vandenbrouck (U1038 CEA-INSERM)
	Perspectives
16h20	StratusLab, Introduction au Cloud Computing et Perspectives pour la Bioinformatique. Charles Loomis (LAL CNRS)
17h00	Table ronde
Clôture - 18h00

Présentations:

Blanchet (3.0 Mo) Icon

Spataro (2.4 Mo) Icon

Gauthey (867.0 Ko) Icon

Penel (757.6 Ko) Icon

Mareuil (1.2 Mo) Icon

Leroy (5.0 Mo) Icon

Loomis (1002.9 Ko) Icon

Martin (NGS) (3.1 Mo) Icon

Martin (RENABI-SO) (50.1 Ko) Icon

Martin (RENABI-GO) (164.5 Ko) Icon

Samson (350.7 Ko) Icon

Vandenbrouck (2.3 Mo) Icon

Tuffery (2.6 Mo)

Tutoriel

"Utilisation de l'infrastructure distribuée RENABI GRISBI"

- Programme du 27 mai 2011 -

Accueil - 9h00
9h00	Introduction aux composants de grille Architecture et Principes. Gestion des identités. Informations sur les ressources disponibles
Pause - 10h30
11h00	Soumission de calculs avec données simples Soumission de jobs simples. Gestion des données utilisateurs «sandbox». Accès aux logiciels et banques de données biologiques. Collections et job paramétriques.
Déjeuner - 12h30
14h00	Gestion des données avec gLite Principes et architecture de DPM. Catalogue des fichiers LFC. Pratiques et utilisation (commandes lcg-...)
Pause - 15h15
15h45	Gestion des données en stockage distribué virtuel Principes et architecture de XtreemFS. Pratiques et utilisation.
Clôture - 17h00