24-25 novembre 2009, Plateforme GenOuest, Rennes

Nous annonçons l'édition 2009 des journées "BIOinformatique à GRAnde échelLE - BIOGRALE" à la Plateforme GenOuest (Rennes). L'édition 2008 s'est tenue en Novembre 2008 à l'Institut de Biologie et Chimie des Protéines (IBCP, LYON), et a rassemblé plus de 60 participants, académiques et industriels. Les objectifs sont d'échanger sur les aspects scientifiques et techniques liés au passage de la Bioinformatique à grande échelle, mutation que notre discipline est en train de réaliser.

Réunion organisée par la plateforme RENABI GRISBI ("Grille, Support pour la Bioinformatique")

contact

Dates importantes :

  • Soumission : 24 octobre 2009
  • Inscription : 18 novembre 2009 6 novembre 2009
  • Congrès : 24-25 Novembre 2009

BIOinformatique à GRAnde échelLE - BIOGRALE 2009

Depuis maintenant plusieurs années, la Biologie fait face à une accumulation de données bouleversant tous les usages. Ainsi les études les plus courantes en Bioinformatique évoluent vers une plus grande échelle, passant par exemple de l'analyse d'un(e) seul(e) gène/protéine à l'étude d'un génome/protéome, d'un seul mécanisme au sein d'un organisme vers la biologie des systèmes. Il est maintenant difficile de réaliser ces analyses sur un seul ordinateur, voire même pour certaines sur un cluster, fut-il du dernier cri.

La Bioinformatique requiert maintenant des infrastructures de recherches permettant le stockage et les transferts de grandes quantités de données complexes et hétérogène, et le calcul massif pour leur analyse. Dans ce contexte, nous tirons un avantage certain des nouvelles solutions de calcul et de stockage intensif: notamment avec le grid computing, le cloud computing, et les solutions hybrides couplant des composants traditionnels à des accélérateurs de calcul comme les GPU, FPGA et processeurs Cell. Ces infrastructures informatiques distribuées à grand débit ou à haute performance permettent d'intégrer les outils existants pour l'analyse de données massives. L'accès à ces données biologiques et outils bioinformatique tend clairement vers une virtualisation en profondeur, se préoccupant principalement du service rendu plus que de la ressource. Un des exemples de cette virtualisation est notamment la mise en ligne de Web Services, accessibles par le Biologiste au travers de différentes interfaces (portail, logiciels de workflow, scriptes python, ...)

La plateforme RENABI GRISBI travaille depuis 2008 sur la mise en place d’une telle infrastructure au niveau national. Actuellement 6 plateformes RENABI ont commencé le déploiement de middleware de grille pour mutualiser leurs ressources informatiques et Bionformatiques. Certaines applications scientifiques représentatives seront présentées lors de la journée BIOGRALE par les partenaires initiaux.

Appel à Présentations

Vous souhaitez présenter vos retours d'expériences et vos attentes (cf. par exemple les questions ci-dessous) dans ce domaine lors des journées BIOGRALE, veuillez envoyer un résumé d'une page à l'adresse biograle2009@ibcp.fr avant la date limite.

Quelles ont été vos expériences en tant que Biologiste/Bioinformaticien en termes de calcul scientifique sur grilles ou supercalculateurs ?
Vous êtes-vous heurtés à des barrières liées à l'insuffisance des ressources matérielles ? à leur complexité d'utilisation?
Quelles seraient vos attentes de telles infrastructures pour vos applications ? Souhaiteriez-vous rejoindre l'infrastructure RENABI GRISBI en tant qu'utilisateur ?
Souhaiteriez-vous la rejoindre en tant que fournisseurs de ressources ?
Avez-vous développé de nouveaux algorithmes bioinformatiques plus adaptés aux infrastructures distribuées (ou modifié les anciens) ?
En tant que théoricien du calcul intensif, avez-vous des développements qui seraient profitables aux applications bioinformatiques intensives ?

Les problématiques biologiques en rapport avec une infrastructure de recherche bioinformatique à grande échelle sont nombreuses. La réunion BIOGRALE s'articulera autour des thèmes suivants : les besoins bioinformatiques concernant l'intégration des données et l'interopérabilité, les besoins dans l'intégration des outils, et de leurs rapports avec une plateforme informatique à large échelle ou d'architecture matérielle dédiée (FPGA, GPU, Cell, ...). Les thèmes principaux sont donc les suivants, sans être limité à :

  1. Séquençage à haut débit (NGS)
  2. Métagénomes
  3. Biologie des Systèmes
  4. Génomique comparative/Annotation de génomes
  5. Maladies génétiques, régulation des gènes
  6. Réseaux métaboliques
  7. Reconnaissance moléculaire
  8. Repliement moléculaire
  9. Protéomique
  10. Evolution, phylogénie, biodiversité
  11. Cell : assemblages moléculaires complexes, modélisation de la cellule, …
  12. Environnement et biodiversité

Programme

Le programme comprends des exposés scientifiques sur les thèmes de la réunion et les présentations de l'infrastructure nationale pour la Bioinformatique et des initiatives associées.

Vous trouverez le programme détaillé ici :

> PROGRAMME <

Inscription

La participation est gratuite pour les académiques, mais l'inscription est obligatoire. Les modalités d'inscription sont disponibles ici :

> INSCRIPTIONS <

Comité de Programme

Christophe BLANCHET
Christophe CARON
Olivier COLLIN
Antoine de DARUVAR
Jean-François GIBRAT
Tiphaine MARTIN
Claudine MEDIGUE
Nouredine MELAB
Pierre PETERLONGO
Frédéric PLEWNIAK
Bruno SPATARO

Soutien financier

RENABI - IBISA - Institut des Grilles CNRS 3107
Association Aristote - Groupe d'Utilisateurs Grilles et Calcul Intensif
GDR CNRS 3003 Bioinformatique Moléculaire